办公室 规划计划处 政策法规处（行政审批处） 财务审计处 水资源管理处 省节约用水办公室 基本建设处 工程运行管理处 生态河湖处 农村水利与水土保持处 工程移民处 监督处 科技与对外合作处 河湖长制工作处 人事处 机关党委 离退休干部处 省水旱灾害防御调度指挥中心 省水政监察总队（省河湖采砂管理局） 省水利工程建设局 省南水北调工程建设领导小组办公室（省南水北调工程管理局） 省河道管理局 省水利工程质量监督中心站 省水文水资源勘测局（水利网络数据中心） 省水利工程规划办公室 省水利厅机关后勤服务中心 省水利信息中心 省水利科教中心 省农村水利科技发展中心 省水资源服务中心 省水利防汛物资储备中心 省水利科学研究院 省骆运水利工程管理处 省淮沭新河管理处（省通榆河蔷薇河送清水工程管理处） 省灌溉总渠管理处 省洪泽湖水利工程管理处（省洪泽湖管理委员会办公室） 省江都水利工程管理处 省秦淮河水利工程管理处 省太湖地区水利工程管理处 省泰州引江河管理处 省防汛防旱抢险中心（省防汛抢险训练中心） 省水利工程科技咨询有限公司 省水利建设工程有限公司 省太湖水利规划设计研究院有限公司 省工程勘测研究院有限责任公司 省水利勘测设计研究院有限公司